J-PAL est structuré à la fois en bureaux régionaux et en thèmes de recherche (les Programmes). Le siège de J-PAL est un centre du Département d'Économie du Massachusetts Institut of Technology (MIT), et les bureaux régionaux, situés en Afrique, Europe, Amérique Latine, et Asie du Sud, sont accueillis par des Universités locales.

Agriculture, Éducation, Énergie et environnement, Finance, Santé, Marché du travail, Économie politique et gouvernance sont les Programmes de J-PAL. Bureaux régionaux et Programmes sont dirigés par des membres du Conseil d'administration, composé de chercheurs affiliés et des directeurs de J-PAL. Toutefois, les chercheurs de J-PAL définissent eux-mêmes leurs projets de recherche, levant les fonds nécessaires à leurs évaluations.

Le Conseil d'administration est responsable de l'orientation stratégique générale et contribue au développement des activités de recherche, de formation et de diffusion des résultats. Le Conseil élit 3 membres qui forme, avec les directeurs du siège et le Directeur des politiques publiques, le Comité exécutif de J-PAL. Celui-ci se réunit de façon plus régulière pour trancher les questions concernant les orientations de J-PAL et fournir conseils et supervision au personnel J-PAL.