J-PAL está organizada por oficinas regionales como por temas de investigación llamados Programas. Las oficinas principales de J-PAL son un centro dentro del Departamento de Economía del Massachusetts Institute of Technology (MIT), con oficinas regionales en África, Europa, Latinoamérica y Asia del Sur, las que son acogidas por una universidad local.

Los programas de J-PAL contienen temas sobre Agricultura, Educación, Energía y Medio Ambiente, Finanzas, Salud, Mercados Laborales y Economía Política y Gobierno. Tanto las oficinas regionales como los Programas son dirigidos por miembros de la Junta de Directores de J-PAL, la cual está compuesta por asociados y la alta dirección de J-PAL. Sin embargo, los profesores asociados de J-PAL establecen su propia agenda de investigación y recaudan fondos para apoyar sus evaluaciones.

La Junta de Directores se encarga de la orientación estratégica general de J-PAL y ayuda a transmitir las actividades de investigación, desarrollo de capacidades y divulgación de políticas. La Junta elige 3 miembros, quienes, junto con los Directores de J-PAL Global y el Director Global de Políticas de J-PAL forman un Comité Ejecutivo, el cual se reúne con frecuencia para la toma de decisiones relacionadas con la dirección de J-PAL, además de orientar y supervisar al personal de J-PAL en el mundo.